温泉街の中心に位置する雲仙地獄は大小の岩の間から白煙が立ち上り、硫黄の匂いが漂い、まさに地獄を思わせる雰囲気。地獄を見下ろす丘にはキリシタン迫害の歴史を物語る十字架が建てられている。お糸地獄、大叫喚地獄、清七地獄など約30の地獄が点在している。

雲仙での最高峰普賢岳（1,359m）は１９９０年（平成２年）に２００年振りに噴火し、山下の島原市や南島原市に多大な災害を与えた。このとき吹出した溶岩の山は普賢岳より標高が高くなり、平成新山（へいせいしんざん）（1,482.7m）と命名された。